我国正处于实现物流创新发展的关键阶段，需要破解长期以来困扰我国物流产业发展的体制机制问题，创造更为完善的制度环境，释放物流产业发展的活力。
1、我国物流创新面临体制机制约束
准入制度亟待深化改革与开放
现行行政审批制度制约。目前，我国物流领域的市场准入主要采取行业主管部门审批、行政许可等方式，涉及道路、水路、港口、船舶、运输站（场）、通用航空、快递、报关检验等领域的经营许可和资质审批多达30多项，存在多头审批、重复审批等问题。现行制度与国际通行“非禁即入”的负面清单式准入方式存在明显差距，不利于民营经济和中小物流企业释放创新活力，成为阻碍物流行业创新的重要原因。此外，在铁路运输、航空运输、大型物流枢纽及场站设施的投资和经营等方面，还未对社会资本全面开放；在已开放的领域，民营物流企业也仍然面临一些政策限制或不公正待遇。
高效合理的监管体制有待形成
政出多门、政策不一。与物流行业管理有关的国家部委和机构多达13个，由于各部门管理职责和政策目标不同，在物流企业的认定标准、报表制度、监管要求等方面存在较大差异，因此，许多物流企业专门配备了专事审批、监管的公关部门或“证照专员”，大大增加了企业的管理成本。
各地政策实施差异较大。各地方实施国家政策和相关规定时，由于对政策的理解、执行的尺度存在较大差异，使物流企业在开展跨地域经营、经营全国性业务时面临较大的经营困扰。
监管方式和手段落后。目前各管理部门的事中、事后监管仍存在空白，以行政执法取代合规监管，罚款、停业、集中整治、吊销证照等成为常规手段，运用行业信用体系、黑名单制度、对标评估、监管信息共享等现代化的监管方式及手段相对不足。
社会化监管机制缺失。突出表现在行业协会、征信机构、保险金融等中介服务组织在资质检查、违规记录、信用评估、标准实施等方面的服务作用尚未形成，难以有效发挥行业自律、社会监督的作用，也没有形成运用保险费率、融资利率等促进企业守法经营的激励机制。
缺乏先进合理的标准体系与标准化机制
标准体系不合理。现行标准体系中，存在着国家标准和地方标准重复、交叉和相互矛盾，不同地方之间、不同行业之间的标准难以衔接等问题。同时，缺乏有利于供应链上下游企业和不同物流企业之间合作的团体标准，不利于多式联运、冷链、供应链管理等物流创新活动开展。
标准的形成机制和实施机制尚未理顺。在标准制定方面，由行业协会主导、以企业最佳实践为引领的标准化形成机制尚未形成。在标准实施方面，基础性、通用性、安全环保等方面的国家标准强制性不足，缺乏必要的立法保障；缺乏必要的政策引导机制，行业协会、产业联盟等社会组织在标准推广、监督、评估等方面的积极作用尚未充分发挥。在标准研究方面，国家及相关部门的标准化研究投入较少，对行业及大型企业支持和引导不足，基础研究工作和标准研制人才严重不足，普遍存在被动跟踪、简单转化国际标准等问题。
税收制度和政策设计仍需改革完善
“营改增”分档税率设置不尽合理。目前实施的“营改增”试点方案中，交通运输行业与其他物流行业分别适用11%和6%两档税率，甚至对企业内部不同经营业务（如快递行业运输业务与收派业务）适用不同税率。这不仅容易造成不同行业、不同服务类型企业间的税收歧视，而且不利于多样化物流服务、不同物流企业之间的分工协作和一体化发展，也在一定程度上增加了税收征管的难度。
企业所得税统一缴纳制度不完善，不利于大型物流企业创新发展。一方面，我国企业所得税总分机构汇总纳税的征管分摊政策比较复杂，拥有大量分支机构和经营网点的物流企业很难适用以减轻税收负担；另一方面，各地从保障当地利益角度出发，要求进入本地的物流营业机构进行法人注册，并在本地缴纳所得税。这不仅增加了企业税收负担，更不利于物流企业内部资源整合和加快创新。
对物流创新缺乏明确税收激励。近年来，我国仅针对高新技术企业、先进技术服务企业等，出台了一些旨在鼓励创新的税收政策，而物流产业尚未进入国家创新政策的支持范围。
缺乏有效的创新引导机制和措施
物流创新的融资机制缺乏。近年来，虽然供应链金融得到较快发展，较好地解决了物流企业运营资金等短期融资问题，但很难解决企业扩张、提升能力和整合资源所需要的投融资问题。大量物流企业主要是依靠自有资金和银行贷款进行投资和兼并重组，只有极少部分大型国有物流企业可以借助上市和发债等方式获得资本市场支持。物流产业通过投资银行、产业基金、财富管理公司获得资本市场支持的渠道尚未打通，养老金、保险资金、私人财富资金等长期资本仍然难以顺利进入物流领域，不能对物流基础设施、仓库、物流园区等的开发和资产运营提供有力支持。
创新投入机制亟待建立。各级政府和有关部门尚未形成支持物流创新的稳定投入机制。对企业乃至行业创新的带动性和引导性不强。同时，缺乏对风险投资支持物流创新的必要引导和鼓励政策，社会投入规模较小且高度分散。
有利于资源整合的制度创新滞后。例如在运输中介或“无车承运人”制度创新方面，虽然我国已在国际贸易和对外运输方面引入了国际货代、无船承运人制度，但在国内货物运输法规中还没有相应的制度安排，不利于第三方物流企业、供应链管理企业发展，对物流企业整合资源、开展一体化服务形成了明显制约。
对绿色和低碳物流的引导扶持政策相对滞后。发达国家近年来促进物流发展的政策重点已加快转向绿色物流。相比之下，我国对物流产业节能减排等政策支持还比较少，需要进一步加快政策探索。
